En 1327, dans une abbaye bénédictine, des moines disparaissent. Un Franciscain, Guillaume de Baskerville, aidé de son assistant, le jeune novice Adso von Melk, va, à la demande de l’Abbé, mener l’enquête.

Or on attend au monastère une délégation de la papauté d’Avignon et d’autres délégués des franciscains qui doivent débattre ensemble de la question de la pauvreté du Christ. Sous cette querelle se dissimule une des plus graves interrogations du XlVème siècle, la rébellion contre une Èglise riche, contre une papauté disposant des deux pouvoirs, le spirituel et le temporel.

En ces années où fleurit l’hérésie, nul ne s’étonnera de voir également arriver à l’abbaye, l’inquisiteur Bernardo Gui, un dominicain qu’une très ancienne rivalité oppose à Guillaume de Baskerville.

Qui est coupable ? Qui est innocent ? Et si tout le monde était coupable ?

Dans l’immense abbaye que surplombe une bibliothèque-forteresse, la peur rôde. D’aucuns annoncent l’Apocalypse, d’autres préparent des bûchers, Adso fait de bien étranges découvertes tandis que Guillaume applique à ces mystères la rigueur de la méthode expérimentale.

Et si tout cela n’était que l’annonce des temps nouveaux ?